之所以要將科學與思想放在一起講，是因為科學也罷，思想也罷，都是用來完善人和社會的。對於個人來講，其可以使得人更加的理性，讓人的個人素質越發提升，對於整個社會來講，其可以讓整個社會樹立最理想的是非善惡真假美醜的區分標準，從而使得整個社會變得更加有序更加公平自由美好等等。說到底，科學與思想是人與社會不斷成長的動力，沒有這些，即不談人類文明。

滿清的科學與思想如何呢？不用說，又很糟糕，滿清以一個落後的遊牧民族侵入中原，他們尚且沒有認識到科學對於人與社會發展的重要作用，卻偏偏意識到了思想對於社會發展的重要作用。思想的不斷髮展，便會促進社會的不斷進步，進而便會導致滿清的黑暗統治益發的不穩定，因而滿清朝廷對於漢民族幾千年發展起來的部分優秀思想，展開了清洗和壓制。壓制的最主要的手段有三個，一是禁止民間結社，二是修編《四庫全書》，三是文字獄。

禁止民間結社在上文已有敘述，它既有政治意圖也有思想意圖，政治上無非是防止民間勢力做大，威脅滿清朝廷自身的獨裁統治，思想上則是為了防止先進的思想透過黨社傳播，從而啟發民智，使得其獨裁專制統治的思想基礎不復存在，說到底還是為了維護其專制獨裁統治。當然這麼做的效果是很明顯的，晚明的個性解放思想、民主萌芽思想透過黨社傳播，著名的復社鉅子黃宗羲、王夫之等都受其影響並加以發展，並著述以傳世，但終清一朝，黃宗羲、王夫之等人的民主思想沒有得到絲毫傳播，直到十九世紀末期，西方完善的民主思想傳入時，晚明的民主萌芽思想才被知識分子所發覺和重視。

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