同時阿科尼亞和郭納爵還有另一個任務,就是在穆陵關裡迅速建立起一個初步的醫療系統來。並且要陪養一批軍醫,參與這次南下的作戰。
儘管在後世,醫學界對中醫理論有很大的爭議,但在古代,以中醫理論為基礎的中國醫學水平在很長一段時間裡,要遠遠高於西方,由其是中醫基礎的經絡和陰陽五行系統,也使中醫形成了相當成就的理論,並且在很早的時候,就出現了專職的醫生和專業的治療程續。而在西方十五世紀以前,醫療基本都是由教會來兼職,絕大多數治療手段都是禱告和唸經。
但到了十六世紀之後,西方的醫學有了長足的進步,縮短了與中國的差距,在1543年,尼德蘭人薩留斯完成了《論人體的構結》一書,同時期的西班牙人塞爾維特發現了心肺之間的血液小迴圈,使歐州醫學開始朝著人體研究和血液迴圈理論的方向邁進,到了1628年,英國人哈維寫成了《心血運動論》一書,系統的闡明瞭血液迴圈理論,從而開避了生理學和醫學的新時代。
儘管在差不多同一時期,中國的李時珍也寫出了一部偉大的醫學著作《本草綱目》,但本質依然還是秉承的傳統醫學,沒有能夠突破傳統醫學的極限,而歐州醫學卻以經突破了中世紀的限制,在逐步向近代、現代醫學靠近。不過總體來說,在十七世紀中期時候,東西方的醫學水平差不多還是在同一水平線上。
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