同時阿科尼亞和郭納爵還有另一個任務，就是在穆陵關裡迅速建立起一個初步的醫療系統來。並且要陪養一批軍醫，參與這次南下的作戰。

儘管在後世，醫學界對中醫理論有很大的爭議，但在古代，以中醫理論為基礎的中國醫學水平在很長一段時間裡，要遠遠高於西方，由其是中醫基礎的經絡和陰陽五行系統，也使中醫形成了相當成就的理論，並且在很早的時候，就出現了專職的醫生和專業的治療程續。而在西方十五世紀以前，醫療基本都是由教會來兼職，絕大多數治療手段都是禱告和唸經。

但到了十六世紀之後，西方的醫學有了長足的進步，縮短了與中國的差距，在1543年，尼德蘭人薩留斯完成了《論人體的構結》一書，同時期的西班牙人塞爾維特發現了心肺之間的血液小迴圈，使歐州醫學開始朝著人體研究和血液迴圈理論的方向邁進，到了1628年，英國人哈維寫成了《心血運動論》一書，系統的闡明瞭血液迴圈理論，從而開避了生理學和醫學的新時代。

儘管在差不多同一時期，中國的李時珍也寫出了一部偉大的醫學著作《本草綱目》，但本質依然還是秉承的傳統醫學，沒有能夠突破傳統醫學的極限，而歐州醫學卻以經突破了中世紀的限制，在逐步向近代、現代醫學靠近。不過總體來說，在十七世紀中期時候，東西方的醫學水平差不多還是在同一水平線上。

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