另一種常見的批評這樣說道：機器是嚴格按照模組層次結構組織的，而生物是基於元素的整體組織，每個元素都影響著另外的元素。生物獨特的能力來源於這種整體設計。此外，只有生物系統可以使用這個設計原則。

紐西蘭奧塔哥大學的生物學家邁克爾·丹頓指出了生物實體和他所知道的機器兩者設計原理的明顯不同。丹頓形象地把生物描述為“自我組織、自我指示……自我複製……互惠……自我形成、具有整體性。”41然後他做了一個沒有經過論證的轉變，簡直是一個180°的轉變。他說，這種有機形式只能透過生物過程建立，並且這種形式是“不可改變的……深不可測……基本”的存在現實。

丹頓對有機系統的美感、複雜、奇異及相互聯絡感到“震撼”和“驚奇”，從非對稱的蛋白質形狀帶來的“怪異的其他世界的印象”到諸如人腦這種高階器官的非凡的複雜度，這種感覺我也有。此外，我同意丹頓說的生物設計代表了一套深刻的原則。但是，準確地說，我的論點是：機器（以人為導向的設計的衍生物）可以訪問並已經在使用同樣的原則，但是丹頓和其他的整體論學派的批評家都不承認和迴應。這一直是我自己的工作要點，並代表了未來的潮流。模擬自然的想法是使未來的技術提供巨大能力的最有效的方式。

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