1607年的8月，朱由棟打著去方山避暑的名頭，直接停了他和南京大員們的每旬例會。一頭扎進了方山實驗室。

所謂方山實驗室，其實就是未來科學研究院的雛形。在這裡面，分為幾個大類。

第一類是基礎科學，負責人是利瑪竇。其主要工作是編寫代數、幾何教材。

在穿越以前，朱由棟從小念書都跟‘學霸’兩個字無緣。當他那些天資聰穎的同學玩著玩著就考上了清華北大的時候。他只能透過自己日復一日的刻苦學習才考上了一所二本醫學院校。所以，深知自己並不是天才的朱由棟在爬科技樹的時候是非常老實的。他會耗費相當多的時間和精力，老老實實的把基礎打牢，然後再開始攀爬。

數學，並不會直接產生多少經濟效益。但它是自然科學最基礎的學科，朱由棟生拉硬拽的把利瑪竇帶到南京，就是因為中國此時在數學上的水平已經落後於西方，只有靠著外援來把這塊短板補齊。

第二類是理化實驗室。在玻璃製品迅速走向成熟後，特別是顯微鏡的使用和顯微倍數的不斷提高，使得這個實驗室的進展極為迅速。

當然，目前方山的顯微鏡都是光學顯微鏡，限於光的波長，這一類顯微鏡是不可能看到原子的。但在朱由棟這個穿越者的強硬幹預下，方山理化實驗室直接制定出了元素週期表。並且有了簡單的分子結構圖。

有了這兩個東西后，各種物理，特別是化學實驗就有了理論指導。所以，當朱由棟來到這座實驗室後，負責這個實驗室的李之藻就激動的告訴他：硝酸甘油已經可以在實驗室穩定生成，硝化棉也初步合成，銀鏡反應也可以用於大規模生產。

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