轉基因技術在很大程度上重塑了美國種子公司的市場格局。 在植物轉基因技術誕生後，很多種子公司看到了轉基因農產品的發展潮流。 這就像當時的網際網路熱潮，大家都認為轉基因技術能給他們帶來豐厚的回報。 而且，美國農業部在《植物品種保護法》（PVP）中規定，他人可以出於研究目的使用受專利保護的新品種的優良特性，這更加大了投資者的興趣。於是，大量的私有資金投入到轉基因作物的研發當中，私人種子公司成為美國轉基因作物研發的主要力量。美國農業部對1996―2000年的統計結果顯示，全美在農業生物技術領域的新技術專利共4200個，其中75%是來自於私人種子公司。 不過，因為轉基因研發的過程漫長，導致成本高昂，時間週期過長。 所以，在轉基因技術的競爭發展過程中，大多數種子公司發現轉基因技術不但不能給他們帶來高額利潤，而且企業因為越來越高的轉基因研發投入，已經面臨明顯的生存危機。 於是，很多規模小的種子公司因為承受不住巨大的經濟壓力，只好紛紛倒閉破產，大的種子公司也紛紛開始合併或被其他企業併購。 轉基因農產品整合成了關鍵的行為。 到1997年，美國的3大種子公司就佔據了種子的研發培育及生產銷售的很大部分。

商業資本在“羽翼漸豐”後，開始了大規模的市場擴張。 在中國，外國的蔬菜種子佔領了中國“蔬菜之鄉”山東壽光50%以上的份額。壽光市具有種子經營資格的經營業戶285家，其中經營的茄果類蔬菜大部分是國外品種。國外品種在壽光種子市場佔有率，長茄在90%以上，番茄60%以上，辣椒60%以上，彩椒近100%，並且在大蔥、胡蘿蔔、苦瓜、菠菜品種的市場佔有率呈快速上升勢頭。國產蔬菜種子市場佔有率不斷下降，只有在密刺黃瓜、芸豆、苦瓜等種植規模較小的品種佔有一定市場份額。 隨著外資的深入和對一些品種的壟斷，一些國家廠商就開始了漲價的過程。 壽光曾經番茄爆發黃化曲葉病毒，這種病害爆發後，我國企業、科研單位一籌莫展，沒有一家民族企業能拿出抗病丨毒丨品種，而國外公司9月份就拿出了抗病毒的種苗。這種抗病毒種苗價格一開始為每株0.42元，但隨著農民用種量的擴大，很快上漲到每株0.87元。 而從農民的角度來說，因為中國缺乏相應質量的種子，所以只好接受高價的外國種子。

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